Το αρχαίο ρωμαϊκό και ελληνικό δίκαιο όριζε την φυλακή ως τόπο φύλαξης των υποδίκων μέχρι να παραπεμφθούν σε δίκη. Το ίδιο ίσχυε και κατά τον Μεσαίωνα. Η καθιέρωση της φυλακής όπως την γνωρίζουμε σήμερα, δηλαδή ως τόπος εκτέλεσης ποινής είναι θεσμός σχετικά πρόσφατος και οφείλεται σε επίδραση του κανονικού δικαίου της καθολικής εκκλησίας.
Το κανονικό δίκαιο θεωρούσε την αντικοινωνική συμπεριφορά ως έγκλημα και τον εγκληματία ως αμαρτωλό που έπρεπε να φέρει ξανά στο ίσιο δρόμο με την μόνωση και την τιμωρία. Κατά τις εκκλησιαστικές αντιλήψεις διευκολύνει την περισυλλογή και την επικοινωνία με τον Θεό. Αυτό συντελεί στο να αισθανθεί τύψεις ο αμαρτωλός, να μετανιώσει και να εξιλεωθεί. Έτσι, η σύνοδος της Beziers αποφάσισε το 1266 ότι οι καταδικασμένοι από τις εκκλησιαστικές δικαιοδοσίες έπρεπε να υποβάλλονται σε απομόνωση την νύχτα και την ημέρα να τηρούν το κανόνα της απόλυτης σιωπής.
Οι ιδέες αυτές άρχισαν να έχουν μία ευρύτερη εφαρμογή, από τον 17ο αιώνα και πάνω στους καταδικασμένους από την λαϊκή δικαιοσύνη. Το 1690 ο Γάλλος βενεδεκτινός μοναχός Madillon δημοσίευσε το έργο του «Σκέψεις πάνω στις εκκλησιαστικές φυλακές». Μέσα από αυτό το έργο ο Madillon κατήγγειλε το απομονωτικό σύστημα υποστηρίζοντας ότι η απομόνωση δεν επιφέρει βελτίωση και εισηγείται διάφορες βελτιώσεις στο μέχρι τότε εφαρμοζόμενο τρόπο μεταχείρισης των κρατουμένων, όπως την καθιέρωση της εργασίας των κρατούμενων και των επισκέψεων σ αυτούς, καθώς και την λήψη μέτρων που ν εξασφαλίζουν τους όρους υγιεινής διαβίωσης. Επίσης, εισηγήθηκε και την εξατομίκευση των κρατουμένων.
Το έργο του Mabillon άσκησε μεγάλη επίδραση και σ αυτόν οφείλεται η ίδρυση ορισμένων προτύπων σωφρονιστικών ιδρυμάτων στα διάφορα κράτη της καθολικής Ευρώπης. Έτσι, ο Πάπας ΄Κλήμης ΧΙ ιδρύει το 1703 στη Ρώμη την φυλακή «Άγιος Μιχαήλ» προορισμένη για νεαρούς εγκληματίες, ενώ το 1735, ο Κλήμης ΧΙΙ ιδρύει στη ίδια πόλη φυλακή για γυναίκες, και ακολουθεί στη συνέχεια ίδρυση φυλακών στο Μιλάνο, στο Τορίνο και στη Βενετία. Το κίνημα αυτό εξαπλώθηκε και στις ισπανικές Κάτω Χώρες όπου έχουμε την ίδρυση της περίφημης φυλακής της Γάνδης το 1755, από τον υποκόμη Jean Vilain XIV, όπου εφαρμοζόταν το σύστημα απομόνωσης την νύχτα και της κοινοβιακής εργασίας την ημέρα.
Παράλληλα, το κίνημα για τη καθιέρωση της φυλακής εμφανίζεται και στις ευρωπαϊκές χώρες που είχαν δεχθεί τον προτεσταντισμό. Στη Ολλανδία, ήδη από τον 16ο αιώνα, είχαν κάνει την εμφάνισή τους ιδρύματα εργασίας για φυγόπονους και επαίτες. Την ίδια εποχή στη Αγγλία καθιερώνονται ιδρύματα για νεαρούς εγκληματίες που ονομάζονται «bridewells» ή «house of correction» τα οποία είχαν εφήμερη δυστηχώς ύπαρξη.
Όμως, η ανάπτυξη του θεσμού της φυλακής προωθήθηκε πολύ χάρη στο έργο και στη δράση του Άγγλου John Howard. Ο Howard σ ένα ταξίδι του προς την Πορτογαλία έπεσε στα χέρια Γάλλων κουρσάρων και ρίχτηκε στις φυλακές της Βρέστης. Όταν επέστρεψε στην χώρα του, η πικρή εμπειρία που είχε δοκιμάσει ο ίδιος από την φυλακή τον έκανε να αφιερώσει την ζωή του ολόκληρη στη βελτίωση των σωφρονιστικών ιδρυμάτων. Έτσι, το 1773, ονομάστηκε διοικητής της κομητείας του Bedford, και είχε την ευκαιρία να διαπιστώσει ότι οι αγγλικές φυλακές παρουσίαζαν τους ίδιους όρους αθλιότητας που χαρακτήριζαν και τις γαλλικές.
Στη προσπάθεια του να καλυτερεύσει τις ήδη υπάρχουσες αγγλικές φυλακές, ταξίδεψε σε πολλές χώρες παρατηρώντας τις φυλακές τους, και τα αποτελέσματα των παρατηρήσεων του τα παρουσίασε σε ένα βιβλίο το οποίο δημοσιεύτηκε το 1777. Στο θεωρητικό πεδίο ο Howard ακολουθεί και αναπτύσσει το πνεύμα του Mabillon και διακηρύσσει την αξία της εργασίας ως μέσου σωφρονισμού των εγκληματιών. Ακόμα, μέσα στο έργο του Howard βρίσκει κανείς ένα πλήθος προτάσεων πάνω στο τρόπο οργάνωσης της φυλακής, στη επιλογή του προσωπικού, στη υγιεινή μέσα στις φυλακές που ακόμα και στη σημερινή εποχή δεν μπορούν να θεωρηθούν ξεπερασμένες.
Ο ρόλος του Howard στη σωφρονιστική επιστήμη είναι πάρα πολύ σημαντικός και ανάλογος με εκείνον του Beccaria στο ποινικό δίκαιο. Γι αυτό θεωρείται ο πατέρας της σωφρονιστικής επιστήμης.
Οι αρχές που διακήρυξε η γαλλική επανάσταση και συγκεκριμένα η τοποθέτηση της ατομικής ελευθερίας στη κορυφή της αξιολογικής κλίμακας των αγαθών του προσώπου παγίωσε την στερητική ποινή της ελευθερίας σαν την σπουδαιότερη στο σύστημα των ποινικών κυρώσεων. Από τότε η φυλακή γενικεύεται σαν τόπος εκτέλεσης ποινής.
Σήμερα, η γραμμή που ακολουθείται απ τον Σωφρονιστικό κώδικα για τις ελληνικές φυλακές βρίσκεται στο άρθρο 10 που ορίζει: « Οι στερούμενοι της προσωπικής αυτών ελευθερίας κρατούνται αναλόγως του σκοπού και της διάρκειας της κρατήσεως...» και ορίζονται τα διάφορα είδη σωφρονιστικών ιδρυμάτων.
